Siekiant, kad aplinkos sektoriui remti skirtos lėšos būtų naudojamos tikslingai ir efektyviai, taip pat siekiant neleisti atsirasti ir plisti korupcijai įgyvendinant projektus aplinkos srityje, Agentūroje įgyvendinamos šios korupcijos prevencijos priemonės: 

• Aplinkos projektų valdymo agentūros kovos su korupcija priemonių planai:  2016-2017 metams , 2018-2020 metams , 2021 metams , 2022 metams ,  2023 metams .
• Aplinkos projektų valdymo agentūros kovos su korupcija priemonių planų įgyvendinimo ataskaitos už 2016 metus , už 2017 metus , už 2018 metus , už 2019 metus , už 2020 metus ,už 2021 metus , už 2022 metus , už 2023 metus
• Teisės aktų projektų antikorupcinis vertinimas. 

Aplinkos projektų valdymo agentūra teisės aktų projektų antikorupcinį vertinimą atlieka vadovaudamasi Teisės aktų projektų antikorupcinio vertinimo taisyklėmis, patvirtintomis Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2014 m. kovo 12 d. nutarimu Nr. 243 „Dėl Teisės aktų projektų antikorupcinio vertinimo taisyklių patvirtinimo“. Teisės akto projekto antikorupcinis vertinimas atliekamas, jei rengiamame teisės akto projekte numatoma reguliuoti visuomeninius santykius, susijusius su Lietuvos Respublikos korupcijos prevencijos įstatymo 8 straipsnio 1 dalyje nurodytomis sritimis.  

• Agentūroje periodiškai atliekamas korupcijos pasireiškimo tikimybės vertinimas. 2022 m. korupcijos pasireiškimo
  tikimybės nustatymo  išvada. 2022 m. korupcijos pasireiškimo tikimybės nustatymo išvadoje pateiktų siūlymų įgyvendinimo  ataskaita.

Taip pat kviečiame susipažinti su korupcijos prevencijai reikšmingais Lietuvos Respublikos aplinkos ministerijos Aplinkos projektų valdymo agentūros dokumentais: 

• Darbuotojų elgesio kodeksas.
• Aplinkos projektų valdymo agentūros elgesio su dovanomis gairės.
• Neskaidrumo atvejų Lietuvos Respublikos aplinkos ministerijos Aplinkos projektų valdymo agentūroje tyrimo tvarka.